De todos es sabido lo maravilloso que es el Internet Explorer, sobre todo con transparencias en imágenes PNG. Yo uso firefox y más de una vez me he llevado un disgusto al comprobar que algunos diseños que hice no se veían bien por culpa de esto (más bien la culpa es mía por no acordarme de que explorer funciona así).
Pues parece ser que hasta la llegada de la próxima versión del navegador, ya hay solución a esto mediante el uso de un pequeño script en PHP que he descubierto hoy y que parece que funciona perfectamente. Yo no lo he probado personalmente pero en la web de la que dejo el enlace se ve la transparencia perfectamente.